Die Software Scanpy verarbeitet riesige Mengen an Einzelzelldaten

Wissenschaftler des Helmholtz Zentrums München haben ein neues Programm entwickelt, das große Datensätze beherrschbar machen soll. Technologisch beschreitet die Anwendung neue Wege: Während entsprechende Biostatistik-Software traditionell in der Programmiersprache R geschrieben wurde, basiert Scanpy auf der Sprache Python, die die Machine Learning Community dominiert. Neu ist zudem, dass Graph-basierte Algorithmen das Herz von Scanpy bilden. Anstatt Zellen wie bisher üblich als Punkte im Koordinatensystem des Genexpressionsraums zu betrachten, verwenden die Algorithmen ein graphartiges Koordinatensystem. Das heißt, anstatt eine Zelle mit dem Expressionswert einiger Tausend Gene zu charakterisieren, wird sie einfach durch die Angabe ihrer nächsten Nachbarn charakterisiert – vergleichbar mit Verbindungen in sozialen Netzwerken.

Ansprechpartner:
Dr. Dr. Alexander Wolf
Helmholtz Zentrum München – Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH)
Neuherberg
Tel. +49 89 3187 4217
alex.wolf@helmholtz-muenchen.de

Presseveröffentlichung vom 12.02.2018

Quelle

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